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为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕敕谕元辅张少师朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。（奏疏四《御札奖励疏》）
自从俺答封贡事定以后，战事底中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮底领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。（书牍五《与王敬所论大政》）这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘据在热河和辽宁底西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正底计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，（书牍六《答蓟辽督抚吴环洲言虏情》）以备鞑靼底进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。（书牍六《答方金湖计服三卫属夷》）
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。”（见前）这便是居正底长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事底中心逐渐东移，辽东成为中国底重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他用底方法，自己说过“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，紎乳|6捶，则复投之，投而复吠则击之而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云”耐烦二字，边臣宜书诸绅。‘诚然。“（书牍八《答吴环洲》）居正手上有的是大棒和骨头，这是他”羁縻’属夷‘“的方法6杂凇备汀粢摹暗亩尾迹投杂谏痛桶炒鸬亩尾家谎诱鸺看过，都要美好经用，这是骨头6溲詹砍ざ辍3ぐ海颓喟讯际乔灼荩诱愿佬哺舛遥骸毙夜疽馇嗲酰钇浯獬ぐ海鸶醋鞔酰匀∶鹜觥！埃ㄊ殡沽洞鸺徽蛭饣分蕖贰＜徽蛭筇猓饣分藜次舛摇＃┱馐谴蟀簟u庖荒晁炙倒喝枋炯徽蚵睬椋ㄔ掌溲灾病r鸭疵苡锉酥械笔轮罟轮邮隆j粢拇x檬室耍蛲谅仓媲榭傻茫秸蛑笔杏幔苯癖呶瘢诖艘印9谏瞎龋谛拚绞兀馓铰睬椋莆骰常杂忻钣茫透春斡恰＃ㄊ殡沽洞鹞饣分蕖罚?br />
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此止知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚末悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲掌要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四、五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学，州学，县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额底限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科日秀才异等底名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士底出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”（万历本《明会典》卷七十八）便指的这些人。
万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。”去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定惟有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。（奏疏四《申旧章饬学政以振兴人才疏》）
疏后附列十八款，日标都在振饬当时的学风，列四款于次
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极在学额方面，因为考成底关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》（卷六十九）《选举志》言“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己底政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层底手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众底反对，反而出乎意外地受到民众底拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学土温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才（即秀才），国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤。”（《明史》卷二五八《傅朝祐传》）温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，盂子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐底议论，只是拥护特权阶层底既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起
秉公执法，乃不谷所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不谷弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不谷持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。（书牍十二《答南学院李公言得失毁誉》）
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑土，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说。“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚濠堑，掘战坑他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光底报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正底估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《论边事疏》）
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进土出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们惟一的目标，是考进土，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿，不就选人，或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。（《明史》卷二二七《贾三近传》）贾三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正底同僚，其实只是居正底属员。首辅底权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博底同乡，王崇古底外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱底器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古底关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后底父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学土掌詹事府，不久改吏部左待郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然名为大学士，其实只是居正底一条尾巴。在这一点，居正和四维成立一种默契。但是居正没有看清忠厚的人和才华的人究竟有些不同。忠厚的人如吕调阳，也许可以遵守这个默契，并不感觉痛苦；才华的人如张四维，便完全两样了。他遵守这个默契，但是心里却充满怨愤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他底恭谨，只能增加他底仇视。这便成为居正身后，四维极力报复底张本。万历十年，居正逝世；十一年抄家，他底长子敬修自杀，在他底血书后面写着“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，（四维别号）今张家事（敬修自指）已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也。”到了这时，敬修才知道四维是自己一家底大仇，但是在居正生前，居正只觉得四维是一个恭谨的同僚。
万历三年，在江浙海外，发生一次小规模的国际战事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的时代。经过谭纶、俞大猷、戚继光、刘显这一群人戡定以后，大局稍为安静，但是小股的倭寇，还是不断地扰乱，隆庆年间，广东方面的动乱，也有倭寇参加的踪迹。中国和日本是接近的邻国，本来应当好好相处，为国际争取和平，为人民争取幸福，但是那时双方的统治阶级，都没有认识这个道理。远在北京的皇帝，高高在上，没有贯彻保卫祖国的职责；而日本方面，无数的封建主，一边率领虏掠成性的武士，一边勾结中国沿海的汉j，不断向大陆进攻。这是当时中国和日本相处的情势。居正也曾说到中国和日本的关系倭奴自元以来，为中国患。元尝以十万人，从海征之，舟泊其境，值海风大作，十万人没于海。本朝有天下，四夷君长，靡不向风，独倭王良怀不奉朝贡，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海诸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命礼部移书，责其国王，亦只言天道祸福之理以导之耳，终不能一加兵于其国。是以其人骄悍狡诈，谓中国无如之何。侵侮之渐，有自来也。（文集十一《杂著》）
居正看到日本底祸害，但是居正认识当时国家底敌人，还是北方的鞑靼，所以在“北边第一”的口号下面，对于倭寇，谈不到根本解决，只能对于沿海督抚，尤其苏、浙、闽、广诸省，加以不断的戒饬。他底计划是用兵船巡弋近海，随时和倭寇在海面决战。万历三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一带了。应天巡抚宋仪望调兵船和他开战，打了一个胜仗，居正一边奏请加官，一边致书奖励，同时警戒浙江巡抚谢鹏举。他说近年海寇息警，人心颇懈，仆窃以为忧，故昨年拟旨申饬。赖公伟略，起而振之。今果能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。（书牍七《答应天抚院宋阳山言防倭》）
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆日，“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。（同卷《答浙抚谢松屏言防倭》）
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的惟一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴底草料，船只底装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家底奴役，他们底地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度底运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权利，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合底五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们底特权，以至引起自身底不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬莱，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府官朝觐，给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫、马，及因而计路远近，折干入己。
凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。（万历本《明会典》卷一四八）
这年又规定自京往外省者，由兵部给内勘合；其中仍须回京者，回京之日缴还勘合；无须回京者，即将该项勘合，缴所到省分抚、按衙门，年终一并缴回兵部。自外省入京者，由抚、按衙门给外勘合，至京以后，一并缴部，其中有须回省者，另由兵部于回省之日换给内勘合。
居正底规定，较之太祖时代的给驿条例，已经太宽，但是从太祖到神宗，这二百年间，整个的时代变了，一切只能做到“去泰去甚”。就是这样的规定，也还有成为具文的危险，嘉靖、隆庆年间，都曾有过类似的规定，其后只成一张废纸！但是居正手中有?br />
为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕敕谕元辅张少师朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。（奏疏四《御札奖励疏》）
自从俺答封贡事定以后，战事底中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮底领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。（书牍五《与王敬所论大政》）这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘据在热河和辽宁底西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正底计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，（书牍六《答蓟辽督抚吴环洲言虏情》）以备鞑靼底进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。（书牍六《答方金湖计服三卫属夷》）
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。”（见前）这便是居正底长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事底中心逐渐东移，辽东成为中国底重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他用底方法，自己说过“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，紎乳|6捶，则复投之，投而复吠则击之而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云”耐烦二字，边臣宜书诸绅。‘诚然。“（书牍八《答吴环洲》）居正手上有的是大棒和骨头，这是他”羁縻’属夷‘“的方法6杂凇备汀粢摹暗亩尾迹投杂谏痛桶炒鸬亩尾家谎诱鸺看过，都要美好经用，这是骨头6溲詹砍ざ辍3ぐ海颓喟讯际乔灼荩诱愿佬哺舛遥骸毙夜疽馇嗲酰钇浯獬ぐ海鸶醋鞔酰匀∶鹜觥！埃ㄊ殡沽洞鸺徽蛭饣分蕖贰＜徽蛭筇猓饣分藜次舛摇＃┱馐谴蟀簟u庖荒晁炙倒喝枋炯徽蚵睬椋ㄔ掌溲灾病r鸭疵苡锉酥械笔轮罟轮邮隆j粢拇x檬室耍蛲谅仓媲榭傻茫秸蛑笔杏幔苯癖呶瘢诖艘印9谏瞎龋谛拚绞兀馓铰睬椋莆骰常杂忻钣茫透春斡恰＃ㄊ殡沽洞鹞饣分蕖罚?br />
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此止知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚末悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲掌要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四、五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学，州学，县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额底限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科日秀才异等底名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士底出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”（万历本《明会典》卷七十八）便指的这些人。
万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。”去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定惟有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。（奏疏四《申旧章饬学政以振兴人才疏》）
疏后附列十八款，日标都在振饬当时的学风，列四款于次
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极在学额方面，因为考成底关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》（卷六十九）《选举志》言“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己底政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层底手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众底反对，反而出乎意外地受到民众底拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学土温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才（即秀才），国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤。”（《明史》卷二五八《傅朝祐传》）温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，盂子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐底议论，只是拥护特权阶层底既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起
秉公执法，乃不谷所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不谷弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不谷持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。（书牍十二《答南学院李公言得失毁誉》）
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑土，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说。“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚濠堑，掘战坑他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光底报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正底估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《论边事疏》）
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进土出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们惟一的目标，是考进土，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿，不就选人，或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。（《明史》卷二二七《贾三近传》）贾三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正底同僚，其实只是居正底属员。首辅底权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博底同乡，王崇古底外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱底器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古底关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后底父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学土掌詹事府，不久改吏部左待郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然名为大学士，其实只是居正底一条尾巴。在这一点，居正和四维成立一种默契。但是居正没有看清忠厚的人和才华的人究竟有些不同。忠厚的人如吕调阳，也许可以遵守这个默契，并不感觉痛苦；才华的人如张四维，便完全两样了。他遵守这个默契，但是心里却充满怨愤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他底恭谨，只能增加他底仇视。这便成为居正身后，四维极力报复底张本。万历十年，居正逝世；十一年抄家，他底长子敬修自杀，在他底血书后面写着“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，（四维别号）今张家事（敬修自指）已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也。”到了这时，敬修才知道四维是自己一家底大仇，但是在居正生前，居正只觉得四维是一个恭谨的同僚。
万历三年，在江浙海外，发生一次小规模的国际战事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的时代。经过谭纶、俞大猷、戚继光、刘显这一群人戡定以后，大局稍为安静，但是小股的倭寇，还是不断地扰乱，隆庆年间，广东方面的动乱，也有倭寇参加的踪迹。中国和日本是接近的邻国，本来应当好好相处，为国际争取和平，为人民争取幸福，但是那时双方的统治阶级，都没有认识这个道理。远在北京的皇帝，高高在上，没有贯彻保卫祖国的职责；而日本方面，无数的封建主，一边率领虏掠成性的武士，一边勾结中国沿海的汉j，不断向大陆进攻。这是当时中国和日本相处的情势。居正也曾说到中国和日本的关系倭奴自元以来，为中国患。元尝以十万人，从海征之，舟泊其境，值海风大作，十万人没于海。本朝有天下，四夷君长，靡不向风，独倭王良怀不奉朝贡，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海诸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命礼部移书，责其国王，亦只言天道祸福之理以导之耳，终不能一加兵于其国。是以其人骄悍狡诈，谓中国无如之何。侵侮之渐，有自来也。（文集十一《杂著》）
居正看到日本底祸害，但是居正认识当时国家底敌人，还是北方的鞑靼，所以在“北边第一”的口号下面，对于倭寇，谈不到根本解决，只能对于沿海督抚，尤其苏、浙、闽、广诸省，加以不断的戒饬。他底计划是用兵船巡弋近海，随时和倭寇在海面决战。万历三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一带了。应天巡抚宋仪望调兵船和他开战，打了一个胜仗，居正一边奏请加官，一边致书奖励，同时警戒浙江巡抚谢鹏举。他说近年海寇息警，人心颇懈，仆窃以为忧，故昨年拟旨申饬。赖公伟略，起而振之。今果能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。（书牍七《答应天抚院宋阳山言防倭》）
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆日，“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。（同卷《答浙抚谢松屏言防倭》）
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的惟一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴底草料，船只底装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家底奴役，他们底地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度底运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权利，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合底五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们底特权，以至引起自身底不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬莱，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府官朝觐，给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫、马，及因而计路远近，折干入己。
凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。（万历本《明会典》卷一四八）
这年又规定自京往外省者，由兵部给内勘合；其中仍须回京者，回京之日缴还勘合；无须回京者，即将该项勘合，缴所到省分抚、按衙门，年终一并缴回兵部。自外省入京者，由抚、按衙门给外勘合，至京以后，一并缴部，其中有须回省者，另由兵部于回省之日换给内勘合。
居正底规定，较之太祖时代的给驿条例，已经太宽，但是从太祖到神宗，这二百年间，整个的时代变了，一切只能做到“去泰去甚”。就是这样的规定，也还有成为具文的危险，嘉靖、隆庆年间，都曾有过类似的规定，其后只成一张废纸！但是居正手中有?br />