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水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也‘，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之”非常人“哉？
奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过“大臣和言官不同言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群j小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩j罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党j怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
居正底眼泪落下了，他说“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群j小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。
万历六年到了，大婚改在二月，筹备的程序，着着进行。正月间司礼监文书官邱得用口传圣旨，奉圣母慈谕“这大礼，还著元辅一行，以重其事。”又说“忠孝难以两尽，先生一向青衣角带办事，固是尽孝；但如今吉期已近，先生还宜暂易吉服，在阁办事，以应吉典，出到私宅，任从其便。”大婚便得钦定问名纳采使两人按当时的资望，正使当然是英国公张溶，副使便是居正。慈圣皇太后赐居正坐蟒、胸背蟒衣各一袭，吩咐自正月十九日起，吉服办事。不料户科给事中李涞上疏，认为居正有服，不宜参加吉礼，请求改命。神宗随即谕示居正昨李涞说，大婚礼不宜命先生供事。这厮却不知出自圣母面谕朕说，先生尽忠尽不的孝。重其事，才命上公元辅执事行礼。先生岂敢以臣下私情，违误朝廷大事。先朝夺情起复的，未闻不朝参居官食禄，今先生都辞了，乃这大礼亦不与，可乎？看来今小人包藏祸心的还有，每遇一事，即借言离间。朕今已鉴明了，本要重处他，因时下喜事将近，姑且记着，从容处他。先生只遵圣母慈谕要紧，明日起暂从吉服，勿得因此辄事陈辞。（见奏疏六《请别遣大臣以重大礼疏》）
这是正月十八日的事，经过一度疏辞以后，居正暂从吉服，照常办事。
穆宗逝世以后，慈圣皇太后一向住在乾清宫，对于神宗，尽监护的责任。现在大婚期近，皇太后退居慈宁宫，一面谕示神宗说与皇帝知道，尔婚礼将成，我当还本宫，凡尔动静食息，俱不得如前时闻见训教，为此忧思。尔一身为天地神人之主，所系非轻。尔务要万分涵养，节饮食，慎起居，依从老成丨人谏劝，不可溺爱衽席，任用匪人，以贻我忧。这个便可以祈天永命，虽虞舜大孝，不过如此。尔敬承之，勿违。（见奏疏六《乞遵守慈谕疏》）
同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
“圣母慈谕的是，‘神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调阳、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调阳病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说”一日、二日万几，‘一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。“
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
四月十六日，张文明下葬，地址在太辉山。会葬的官员有司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘，这两位是钦遣经营葬事的；有礼部主事曹诰，这是谕祭的；还有护送居正回籍的尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书；地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞，抚治郧襄都御史徐学谟及司、道等官。一切都很煊赫，也许这一位不第秀才、荆州府学生可以瞑目罢。
四月眼看过去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三岁的老母，经不起暑天的跋涉，只得请求宽限，准备八、九月间，天气凉爽，扶侍老母，一同赴京。这一来可把神宗急坏了，神宗一面吩咐内阁拟旨，着太监魏朝留待秋凉，伴送张母入京，仍着居正务须于五月下旬，回阁办事，一面另下手谕谕元辅张先生自先生辞行之后，朕心日夜悬念，朝廷大政，俱暂停以待。今葬事既定，即宜遵旨早来，如何又欲宽限？兹特遣锦衣卫堂上官，赍敕催取。敕到，即促装就道，以慰惓惓。先生老母畏热难行，还著太监魏朝将先生父坟未尽事宜，再行经理，便候秋凉，护送先生老母同来。先生宜思皇考付托之重，圣母与朕眷倚之切，早来辅佐，以成太平之治，万勿耽延，有孤悬望。先生其钦承之。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还南，整个的政府机构停止下来，神宗吩咐拣重要的公事，送到江陵，其余都待居正入京处理。次辅吕调阳感觉到有些难堪，从前有过伴食中书，自己不成为伴食大学土吗？因此他索性请了病假，难得到内阁办事。例行公事由张四维处办，稍关紧要的公事，都送到江陵，听候居正决定。得、得、得！从北京到江陵的大路上，正有无数的公文，在马背上送来送去。
三月间，辽东又报大捷了，这是所谓“长定堡之捷”，捷报一到北京，神宗高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗底保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。神宗和内阁提起慈圣太后底话“赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平日加意运筹，卿等同心协赞之所致也。”（见奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）四月十一日，神宗派兵部差官把上谕送到江陵，他还说起“著兵部马上差人，星夜前去与张先生看，将一应叙录，比前再加优厚。”（同上）同时吕调阳等四位大学士底信也来了，内阁底题稿，辽东底捷报，都送给居正看。这一次真是一个惊天动地的大捷，怪不得神宗高兴。事情是这样的。鞑靼的武土们，大致是七、八百人罢，带了牛羊向辽东边界象风暴一样地冲过来。他们口口声声说是投降。谁相信！鞑靼底诡计多得很，这一定是诈降。辽东副总兵陶成喾看定以后，一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去。这一次的鞑靼真无用，象割草，象切菜，杀、杀、杀！一共杀去四百七十几个鞑靼，陶副总兵底刀柄溅满了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少数的敌人，哭丧着脸，狼狈地抱头鼠窜，这才点验人头，三百，四百，斜斜的鞑靼眼，半睁半闭地在血泊里瞧着长定堡底青天。最奇怪的是自己底部下一些损伤也没有！自古以来，有过这样的胜仗吗？这才把陶副总兵乐得忘去了杀人底疲倦。经过几次申报以后，现在这些公文完全在江陵张府底案上。
居正沈吟了，皇上已经告谢天地祖宗，还有什么说的！他上疏说“窃照辽东一镇，岁苦虏患，迩赖圣明加意鼓舞，屡奏肤功。乃今以裨将偏师，出边遏剿，斩馘至四百七十余级，而我军并无损失，功为尤奇。况当嘉礼美成之会，两月之间，捷报踵至，而今次所获，比前更多，此诚昊穹纯祐，宗社垂庥，我皇上圣武之所致也。”（奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）皇上要他从优叙录，他只有从优拟议。陶成喾升官，辽东总兵李成梁升前世袭指挥佥事。蓟辽总督梁梦龙，辽东巡抚周咏升级，兵部尚书方逢时，和左、右侍郎也加俸加级，连带内阁大学士吕调阳、张四维特加武荫，马自强、申时行特加文荫，其余照例升赏的大小官员，尚不在内。四百七十几位鞑靼武士啊，你们不是枉死的了，你们那半开半闭的眼睛，会从血泊里看到别人得了这么多的赏赐！
但是这一次的胜仗，未免胜得太容易，太离奇了，居正总有些不放心。他一面函嘱蓟辽督、抚查究，一面函询兵部尚书方逢时。他给逢时说起辽左之功，信为奇特，伏奉圣谕俯询，谨具奏如别揭。但细观塘报，前项虏人有得罪土蛮，欲过河东住牧等语，虽其言未可尽信然据报彼既拥七、八百骑，诈谋入犯，必有准备；我偏师一出，即望风奔溃，骈首就戮，曾未见有抗螳臂以当车辙者，其所获牛、羊等项，殆类住牧家当，与入犯形势不同。此中情势，大有可疑。或实投奔之虏，边将疑其有诈，不加详审，遂从而歼之耳。今奉圣谕特奖，势固难已，但功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也。（书牍十《答本兵方金湖言边功宜详核》）
居正在奏疏里留着一句“虽其中有投降一节，臣未见该镇核勘详悉。”这是一个活着。明朝是监察权高于一切的时代，辽东有巡按御史，未经核勘以前，其实算不得定局。辽东巡按安御史一经查实，随即函告居正，这才明白真相。鞑靼七、八百名武士是真的，他们因为得罪土蛮，所以携带牛、羊，拚命东奔，准备向朝廷投降，却想不到遇着一位杀人不眨眼的陶副总兵，给他们一个死不瞑目。但是怎么办呢？天地祖宗都谢过了，恩赏一直荫到大学士底子、孙，难道都要推翻。居正还准备息事宁人，但是口口声声，抱怨吕调阳等底糊涂。他和蓟辽督抚说起向者南归，奉圣谕辽东大捷，命孤拟议恩?br />
水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也‘，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之”非常人“哉？
奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过“大臣和言官不同言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群j小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩j罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党j怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
居正底眼泪落下了，他说“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群j小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。
万历六年到了，大婚改在二月，筹备的程序，着着进行。正月间司礼监文书官邱得用口传圣旨，奉圣母慈谕“这大礼，还著元辅一行，以重其事。”又说“忠孝难以两尽，先生一向青衣角带办事，固是尽孝；但如今吉期已近，先生还宜暂易吉服，在阁办事，以应吉典，出到私宅，任从其便。”大婚便得钦定问名纳采使两人按当时的资望，正使当然是英国公张溶，副使便是居正。慈圣皇太后赐居正坐蟒、胸背蟒衣各一袭，吩咐自正月十九日起，吉服办事。不料户科给事中李涞上疏，认为居正有服，不宜参加吉礼，请求改命。神宗随即谕示居正昨李涞说，大婚礼不宜命先生供事。这厮却不知出自圣母面谕朕说，先生尽忠尽不的孝。重其事，才命上公元辅执事行礼。先生岂敢以臣下私情，违误朝廷大事。先朝夺情起复的，未闻不朝参居官食禄，今先生都辞了，乃这大礼亦不与，可乎？看来今小人包藏祸心的还有，每遇一事，即借言离间。朕今已鉴明了，本要重处他，因时下喜事将近，姑且记着，从容处他。先生只遵圣母慈谕要紧，明日起暂从吉服，勿得因此辄事陈辞。（见奏疏六《请别遣大臣以重大礼疏》）
这是正月十八日的事，经过一度疏辞以后，居正暂从吉服，照常办事。
穆宗逝世以后，慈圣皇太后一向住在乾清宫，对于神宗，尽监护的责任。现在大婚期近，皇太后退居慈宁宫，一面谕示神宗说与皇帝知道，尔婚礼将成，我当还本宫，凡尔动静食息，俱不得如前时闻见训教，为此忧思。尔一身为天地神人之主，所系非轻。尔务要万分涵养，节饮食，慎起居，依从老成丨人谏劝，不可溺爱衽席，任用匪人，以贻我忧。这个便可以祈天永命，虽虞舜大孝，不过如此。尔敬承之，勿违。（见奏疏六《乞遵守慈谕疏》）
同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
“圣母慈谕的是，‘神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调阳、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
自强，同州人，嘉靖三十二年进士，万历三年为吏部左侍郎，九月升礼部尚书，是一个老成干练的人物。平时自强底主张，和居正不一致，所以这次入阁，自强觉得有些出于意外，因此对于居正，十分感激。时行，长洲人，嘉靖四十一年进土第一，万历三年为詹事府少詹事兼翰林院侍读学士，后来升吏部右侍郎。这一位苏州状元，在万历十一年至十九年间，曾任八年有余的首辅，此时只是后生新进，经过居正两次推荐，所以对于居正，更是非常亲近。万历六年的内阁，一切只是居正底局面。六年七月，调阳病重回籍，十月自强病卒，于是内阁只剩居正、四维、时行三人，一直维持到万历十年。
居正回籍的日期决定在三月十三日。神宗赐路费银五百两、纻丝六表里，仁圣太后赐银三百两、纻丝六表里，慈圣太后赐银五百两、纻丝六表里。之外，神宗又给“帝赍忠良”银印一颗，另赐手谕朕大礼甫成，倚毗先生方切，岂可一日相离？但先生情词迫切，不得已，准暂给假襄事，以尽先生孝情。长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，万勿迟延，致朕悬望。又先生此行，虽非久别，然国事尚宜留心，今赐先生“帝赍忠良”银记一颗，若闻朝政有阙，可即实封奏闻。（见奏疏七《谢赐敕谕并银记疏》）
司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说”一日、二日万几，‘一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。“
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
四月十六日，张文明下葬，地址在太辉山。会葬的官员有司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘，这两位是钦遣经营葬事的；有礼部主事曹诰，这是谕祭的；还有护送居正回籍的尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书；地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞，抚治郧襄都御史徐学谟及司、道等官。一切都很煊赫，也许这一位不第秀才、荆州府学生可以瞑目罢。
四月眼看过去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三岁的老母，经不起暑天的跋涉，只得请求宽限，准备八、九月间，天气凉爽，扶侍老母，一同赴京。这一来可把神宗急坏了，神宗一面吩咐内阁拟旨，着太监魏朝留待秋凉，伴送张母入京，仍着居正务须于五月下旬，回阁办事，一面另下手谕谕元辅张先生自先生辞行之后，朕心日夜悬念，朝廷大政，俱暂停以待。今葬事既定，即宜遵旨早来，如何又欲宽限？兹特遣锦衣卫堂上官，赍敕催取。敕到，即促装就道，以慰惓惓。先生老母畏热难行，还著太监魏朝将先生父坟未尽事宜，再行经理，便候秋凉，护送先生老母同来。先生宜思皇考付托之重，圣母与朕眷倚之切，早来辅佐，以成太平之治，万勿耽延，有孤悬望。先生其钦承之。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还南，整个的政府机构停止下来，神宗吩咐拣重要的公事，送到江陵，其余都待居正入京处理。次辅吕调阳感觉到有些难堪，从前有过伴食中书，自己不成为伴食大学土吗？因此他索性请了病假，难得到内阁办事。例行公事由张四维处办，稍关紧要的公事，都送到江陵，听候居正决定。得、得、得！从北京到江陵的大路上，正有无数的公文，在马背上送来送去。
三月间，辽东又报大捷了，这是所谓“长定堡之捷”，捷报一到北京，神宗高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗底保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。神宗和内阁提起慈圣太后底话“赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平日加意运筹，卿等同心协赞之所致也。”（见奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）四月十一日，神宗派兵部差官把上谕送到江陵，他还说起“著兵部马上差人，星夜前去与张先生看，将一应叙录，比前再加优厚。”（同上）同时吕调阳等四位大学士底信也来了，内阁底题稿，辽东底捷报，都送给居正看。这一次真是一个惊天动地的大捷，怪不得神宗高兴。事情是这样的。鞑靼的武土们，大致是七、八百人罢，带了牛羊向辽东边界象风暴一样地冲过来。他们口口声声说是投降。谁相信！鞑靼底诡计多得很，这一定是诈降。辽东副总兵陶成喾看定以后，一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去。这一次的鞑靼真无用，象割草，象切菜，杀、杀、杀！一共杀去四百七十几个鞑靼，陶副总兵底刀柄溅满了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少数的敌人，哭丧着脸，狼狈地抱头鼠窜，这才点验人头，三百，四百，斜斜的鞑靼眼，半睁半闭地在血泊里瞧着长定堡底青天。最奇怪的是自己底部下一些损伤也没有！自古以来，有过这样的胜仗吗？这才把陶副总兵乐得忘去了杀人底疲倦。经过几次申报以后，现在这些公文完全在江陵张府底案上。
居正沈吟了，皇上已经告谢天地祖宗，还有什么说的！他上疏说“窃照辽东一镇，岁苦虏患，迩赖圣明加意鼓舞，屡奏肤功。乃今以裨将偏师，出边遏剿，斩馘至四百七十余级，而我军并无损失，功为尤奇。况当嘉礼美成之会，两月之间，捷报踵至，而今次所获，比前更多，此诚昊穹纯祐，宗社垂庥，我皇上圣武之所致也。”（奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）皇上要他从优叙录，他只有从优拟议。陶成喾升官，辽东总兵李成梁升前世袭指挥佥事。蓟辽总督梁梦龙，辽东巡抚周咏升级，兵部尚书方逢时，和左、右侍郎也加俸加级，连带内阁大学士吕调阳、张四维特加武荫，马自强、申时行特加文荫，其余照例升赏的大小官员，尚不在内。四百七十几位鞑靼武士啊，你们不是枉死的了，你们那半开半闭的眼睛，会从血泊里看到别人得了这么多的赏赐！
但是这一次的胜仗，未免胜得太容易，太离奇了，居正总有些不放心。他一面函嘱蓟辽督、抚查究，一面函询兵部尚书方逢时。他给逢时说起辽左之功，信为奇特，伏奉圣谕俯询，谨具奏如别揭。但细观塘报，前项虏人有得罪土蛮，欲过河东住牧等语，虽其言未可尽信然据报彼既拥七、八百骑，诈谋入犯，必有准备；我偏师一出，即望风奔溃，骈首就戮，曾未见有抗螳臂以当车辙者，其所获牛、羊等项，殆类住牧家当，与入犯形势不同。此中情势，大有可疑。或实投奔之虏，边将疑其有诈，不加详审，遂从而歼之耳。今奉圣谕特奖，势固难已，但功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也。（书牍十《答本兵方金湖言边功宜详核》）
居正在奏疏里留着一句“虽其中有投降一节，臣未见该镇核勘详悉。”这是一个活着。明朝是监察权高于一切的时代，辽东有巡按御史，未经核勘以前，其实算不得定局。辽东巡按安御史一经查实，随即函告居正，这才明白真相。鞑靼七、八百名武士是真的，他们因为得罪土蛮，所以携带牛、羊，拚命东奔，准备向朝廷投降，却想不到遇着一位杀人不眨眼的陶副总兵，给他们一个死不瞑目。但是怎么办呢？天地祖宗都谢过了，恩赏一直荫到大学士底子、孙，难道都要推翻。居正还准备息事宁人，但是口口声声，抱怨吕调阳等底糊涂。他和蓟辽督抚说起向者南归，奉圣谕辽东大捷，命孤拟议恩?br />