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但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说夫令所以布信，数易则疑，法所以防j，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事
藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子“俺答常远处青山，二子日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；j贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。一贯出宫以后，大臣们一面悲痛皇上底病危，一面也不免庆幸民生底复苏。第二天神宗突然好了，还是舍不得这一大注民财，再派太监们到内阁追还圣旨。大学士方在设法挣扎，太监们来了一个又一个，最后连来二十位，拼命坐索。神宗派司礼太监田义去，田义不肯，神宗从床上爬起来，拿刀子戳上去。内阁里这二十位太监，磕头恳求，额角都磕破了，血流满面，沈一贯无法，只有把圣旨缴进，一切矿税、商税照旧征收，银两不断地向宫中流进，才能满足这位小农底外孙。
在万历七年的时候，这粒嗜利的种子，虽然没有成长，但已经在那里萌芽。金花银增加了，这是一笔收入。其余的需索，经过张居正、张学颜底谏阻，受到一些挫折。不要紧，神宗底心灵，想到办法了。他吩咐文书官姚秀到内阁传谕拟旨，着户部铸钱，供给内库使用。谁能禁止皇帝使钱呢？明朝的货币制度，本是一言难尽的事。大体讲来，银两是当时的本位硬币，铜钱是辅币，钞是纸币。从洪武以来，新钞不断地增发，纸币和硬币久已脱离联系，成为不换纸币，只有在颁赏的时候，数量激增，成为意外的壮观。铜钱和银两，虽然多少有些本位币和辅币底关系，但是中间并没有固定的兑换率，钱少了，钱和银两的比率便提高，钱多了，钱和银两的比率便降低。所以实际上钱和银两的关系，不是辅币和本位币的关系。洪武年间，每钱千文换银一两；到了嘉靖年间，钱太多了，且私铸盛行，形式薄劣，落到六、七千文换银一两。在钱法既坏已后，于是通令对于钱的行使，分出等级来；嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来诸朝的钱千文换银一两，古钱三千文换银一两，一切滥恶小钱禁止行使。法律虽然有了明文的规定，市场上还是无从整顿。钱法混乱，事态已经非常严重。偏偏神宗传旨铸钱行使，他看到化费工部底工本，而增加内库底储藏，真是一件便宜的事。但是他却没有晓得通货的滥发，只能增加市场的混乱。四月十九日居正上疏道；臣等查得万历四年二月，奉圣旨“万历通宝制钱，著铸二万锭，与嘉靖、隆庆等钱相兼行使，户、工二部知道。钦此。”本月又该工部题铸造事宜，节奉圣旨“钱式照嘉靖通宝，铸金背一万四千锭，火漆六千锭，著以一千万文进库使用。钦此。”万历五年二月内，该户部进新铸制钱，又奉圣旨“这钱锭还查原定二万之数，以一半进内库应用，一半收贮太仓。钦此。”及查工部题议，制钱二万锭，该钱一万万文，用工本银十四万九千两，大半取之太仓银库，此奉旨铸钱之大略也。臣等看得先朝铸造制钱，原以通货便民，用存一代之制，铸成之后，量进少许呈样，非以进供上用者也。今若以赏用缺钱，径行铸造进用，则是以外府之储，取充内库，大失旧制矣。且京师民间，嘉靖钱最多，自铸行万历制钱之后，愚民讹言，便谓止行万历新钱，不行嘉靖旧钱，小民甚以为苦。近该五城榜示晓谕，民情少定。今若又广铸新钱，则嘉靖等项旧钱，必致阻滞不行，于小民甚为不便。又与原奉圣旨，与嘉靖、隆庆等钱，相兼行使之意相背。臣等措度事体，似为未便。伏望圣明裁审，暂停铸造进用之旨，待二、三年后，如果民间钱少，再行铸造，亦未为晚。仍乞皇上曲纳臣等节次所陈狂愚之言，敦尚俭德，撙节财用，诸凡无益之费，无名之赏，一切裁省，庶国用可充，民生有赖。不然，以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。臣等备员，敢不尽其愚，伏惟圣明亮察。（奏疏八《请停止输钱内库供赏疏》）
神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴
北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
万历七年四五月间，发生两次封爵的问题一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面带领兵马，出寨二百余里，直捣圜山，在这一个战役里，一共杀去九名官长，八百四十名武士，虏获一千二百匹战马；其余的鞑靼武士，一齐退却。东边的捷报到了，神宗告谢郊庙，在皇极门大会百官，宣布大捷。
居正得到捷报以后，和辽东巡抚周咏说起
李帅用奇出擣，使贼狼狈而返，乃孙膑走大梁之计，比前长定之捷，杀降以要功者不侔矣。功懋懋赏，国家自有彝典，诸公运筹决胜，功岂容泯？少选，当请旨加恩，不敢蔽也。但李帅去年曾馈我以厚礼，虽当即谢却，然恐鳞翼或有差池，且不肖于渠，奖提爱护，意固不为不厚，然以为国家，非敢有所一毫市德望报之心也。渠诚以国士自待，唯当殚忠竭力，以报国家，即所以酬知己，不在礼文交际之间也。渠不知鄙意，以为有所疏外，会间幸一譬晓之，以安其心，坚其志。便中草草。（书牍十《答辽东周巡抚》）
万历七年，居正提议成梁封爵。他说，“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，惟有封爵，才可以鼓励将士。”五月，成梁封宁远伯。成梁派家人到居正宅中送礼，居正坚决地拒绝，他说“你底主人身经百战，封爵是他底本分；我受他底礼物，便是得罪太祖高皇帝在天之灵。”
七年七月，礼科左给事中顾九思，工科都给事中王道成请罢苏松及应天织造。本来织造是由皇帝派遣内监到江南一带主持的。他们颁发北京带来的样子，要民间如式织作，经费有一部分出于内库，也有一部分出于盐税；但是事实上经过几次周折以后，民间所得有限，皇宫派人定货，只成为意内的需索。恰恰这一年江南水灾，所以苏松督造的太监孙隆，更比应天督造的许坤，容易引起民众底怨苦。在两位给事中上疏，交给工部查复以后，神宗派文书官到内阁传谕道御用袍服紧急，若如部议取回内臣，改属抚、按有司，则织造不精，谁任其责？且见有钱粮，不必加派。先生每拟票来。
显然神宗拒绝召回内臣。第二天居正和张四维、申时行入宫，行礼以后，居正奏道“近日苏、松等处，水灾重大，据抚、按官奏报，及臣等所闻，百姓困苦流离，朝不谋夕，有群聚劫夺者。地方钱粮，委难措处。且自前年星变时，亲奉明旨停止织造，着孙隆回京。至今尚未完报，是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，愿少加圣心。”
“朕未尝不爱借百姓，但彼处织造，不久当完，远不过来春尔，”神宗疲赖地说。
居正追紧一步说“皇上德意，臣民无不欣仰，即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事则有一事之扰，宽一分则受一分之赐。今彼中织完，十未四、五，物料、钱、粮，尚有未尽征完者，灾地疲民，不堪催督，愿皇上且取回孙隆，其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”
居正说话，追紧一步以后，随即放松一步。神宗有了回旋的余地，同时他也提出内库发出银五千两，不完全仰给江南钱粮。他说“近降去花样，皆御前发出银两，并不加派扰民。此一件还着织完回京，其余则皆停罢可也。”
三位大学士叩头谢恩，神宗这才把工部复疏交给居正，他说“先生将去票来。”说过以后，神宗看着三位大学士说“君臣一体，今有司通不奉行，百姓安得受惠？”
居正代表内阁说“诚如圣谕，臣等今日，亦无非推广皇上德意而已。愿皇上重惜民生，保固邦本，则百万生灵，仰戴至仁，实社稷灵长之庆。”（奏疏九（罢织造内臣》。对话用原文。）
叩头以后，三位大学士退至内阁拟票，取回孙隆。
事情算是有了一点头绪，但是没有结束。承运库太监孔成上奏，赏赐夷人，缺乏段匹，请行南京、苏松、浙江等处增织，又将上用袍服等项，并请织造，共该七万三千匹。奉圣旨“工部知道。”工科都给事中王道成一看，知道情形严重，上疏请求酌减增造段匹。工科底奏疏发下拟票，居正才晓得从中又起了变化。“皇上为什么又要织造呢？”居正想。他看到现在只有再求酌减。在奏疏中，他提出祖宗朝一岁所造，原有定率；嘉靖年间，才有添织，但是只可偶一为之，说不得是常例。以后他更说到今查万历三年，该库已称缺乏，请于岁造之外，添织九万有余，其时以大婚礼重，赏赐浩繁，该部不得已，钦遵明旨，设法措处，然闻之各地方库藏，搜括已尽，经今四年，方得织完，而添造之旨又下。计该库所开数目，度其所费，非得银四、五十万，不能办此。索之库藏，则库藏已竭，加派小民，则民力已疲。况今岁南直隶、浙江一带，皆有水灾，顷蒙特恩，破格蠲振，又取回织造太监，疲困之民，方得更生，乃又重复加派，子惠之恩未洽，诛求之令即施，非圣慈所以爱养元元，培植邦本之意也。民穷财尽，赋重役繁，将来隐忧，诚有不可胜讳者。科臣所奏，宜留圣心。臣等看得该库偶因三卫夷人，缺少虎、豹一样服色，及近年北虏俺答款贡，岁增赏赉，溢于旧数，故题请添织，以上二项，委不可已。至于上供御用等项，则近年南京太监许坤，苏杭太监孙隆，织进御前者，已自足用，不必又取办于岁造矣。臣等愚见，伏乞圣明再谕该库查北虏俺答一宗赏赐，一岁约该几何，及三卫夷人虎豹服色缺少几何，照数行该地方添织，即作岁造之数，其余皆可停止。惟冀俯从科臣之言，一概减半织造，其支费银两，敕下户工二部酌处，免复加派小民，庶近日规恤之旨，不为虚文，罢极之民，少得苏息也。（奏疏九《请酌减增造段匹疏》疏上以后，神宗准如所请，但是事实上还是增造，神宗依然得到心理的满足。
万历七年十月，蓟辽总督梁梦龙得到消息，土蛮带领四万余骑，向辽东进攻，立即告急。东北方的边防，突然紧张起来。本来居正对付鞑靼的政策，是使他们从内部分裂走向对立的局势。俺答通贡，封顺义王，?br />
但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说夫令所以布信，数易则疑，法所以防j，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事
藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子“俺答常远处青山，二子日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；j贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。一贯出宫以后，大臣们一面悲痛皇上底病危，一面也不免庆幸民生底复苏。第二天神宗突然好了，还是舍不得这一大注民财，再派太监们到内阁追还圣旨。大学士方在设法挣扎，太监们来了一个又一个，最后连来二十位，拼命坐索。神宗派司礼太监田义去，田义不肯，神宗从床上爬起来，拿刀子戳上去。内阁里这二十位太监，磕头恳求，额角都磕破了，血流满面，沈一贯无法，只有把圣旨缴进，一切矿税、商税照旧征收，银两不断地向宫中流进，才能满足这位小农底外孙。
在万历七年的时候，这粒嗜利的种子，虽然没有成长，但已经在那里萌芽。金花银增加了，这是一笔收入。其余的需索，经过张居正、张学颜底谏阻，受到一些挫折。不要紧，神宗底心灵，想到办法了。他吩咐文书官姚秀到内阁传谕拟旨，着户部铸钱，供给内库使用。谁能禁止皇帝使钱呢？明朝的货币制度，本是一言难尽的事。大体讲来，银两是当时的本位硬币，铜钱是辅币，钞是纸币。从洪武以来，新钞不断地增发，纸币和硬币久已脱离联系，成为不换纸币，只有在颁赏的时候，数量激增，成为意外的壮观。铜钱和银两，虽然多少有些本位币和辅币底关系，但是中间并没有固定的兑换率，钱少了，钱和银两的比率便提高，钱多了，钱和银两的比率便降低。所以实际上钱和银两的关系，不是辅币和本位币的关系。洪武年间，每钱千文换银一两；到了嘉靖年间，钱太多了，且私铸盛行，形式薄劣，落到六、七千文换银一两。在钱法既坏已后，于是通令对于钱的行使，分出等级来；嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来诸朝的钱千文换银一两，古钱三千文换银一两，一切滥恶小钱禁止行使。法律虽然有了明文的规定，市场上还是无从整顿。钱法混乱，事态已经非常严重。偏偏神宗传旨铸钱行使，他看到化费工部底工本，而增加内库底储藏，真是一件便宜的事。但是他却没有晓得通货的滥发，只能增加市场的混乱。四月十九日居正上疏道；臣等查得万历四年二月，奉圣旨“万历通宝制钱，著铸二万锭，与嘉靖、隆庆等钱相兼行使，户、工二部知道。钦此。”本月又该工部题铸造事宜，节奉圣旨“钱式照嘉靖通宝，铸金背一万四千锭，火漆六千锭，著以一千万文进库使用。钦此。”万历五年二月内，该户部进新铸制钱，又奉圣旨“这钱锭还查原定二万之数，以一半进内库应用，一半收贮太仓。钦此。”及查工部题议，制钱二万锭，该钱一万万文，用工本银十四万九千两，大半取之太仓银库，此奉旨铸钱之大略也。臣等看得先朝铸造制钱，原以通货便民，用存一代之制，铸成之后，量进少许呈样，非以进供上用者也。今若以赏用缺钱，径行铸造进用，则是以外府之储，取充内库，大失旧制矣。且京师民间，嘉靖钱最多，自铸行万历制钱之后，愚民讹言，便谓止行万历新钱，不行嘉靖旧钱，小民甚以为苦。近该五城榜示晓谕，民情少定。今若又广铸新钱，则嘉靖等项旧钱，必致阻滞不行，于小民甚为不便。又与原奉圣旨，与嘉靖、隆庆等钱，相兼行使之意相背。臣等措度事体，似为未便。伏望圣明裁审，暂停铸造进用之旨，待二、三年后，如果民间钱少，再行铸造，亦未为晚。仍乞皇上曲纳臣等节次所陈狂愚之言，敦尚俭德，撙节财用，诸凡无益之费，无名之赏，一切裁省，庶国用可充，民生有赖。不然，以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。臣等备员，敢不尽其愚，伏惟圣明亮察。（奏疏八《请停止输钱内库供赏疏》）
神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴
北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
万历七年四五月间，发生两次封爵的问题一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面带领兵马，出寨二百余里，直捣圜山，在这一个战役里，一共杀去九名官长，八百四十名武士，虏获一千二百匹战马；其余的鞑靼武士，一齐退却。东边的捷报到了，神宗告谢郊庙，在皇极门大会百官，宣布大捷。
居正得到捷报以后，和辽东巡抚周咏说起
李帅用奇出擣，使贼狼狈而返，乃孙膑走大梁之计，比前长定之捷，杀降以要功者不侔矣。功懋懋赏，国家自有彝典，诸公运筹决胜，功岂容泯？少选，当请旨加恩，不敢蔽也。但李帅去年曾馈我以厚礼，虽当即谢却，然恐鳞翼或有差池，且不肖于渠，奖提爱护，意固不为不厚，然以为国家，非敢有所一毫市德望报之心也。渠诚以国士自待，唯当殚忠竭力，以报国家，即所以酬知己，不在礼文交际之间也。渠不知鄙意，以为有所疏外，会间幸一譬晓之，以安其心，坚其志。便中草草。（书牍十《答辽东周巡抚》）
万历七年，居正提议成梁封爵。他说，“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，惟有封爵，才可以鼓励将士。”五月，成梁封宁远伯。成梁派家人到居正宅中送礼，居正坚决地拒绝，他说“你底主人身经百战，封爵是他底本分；我受他底礼物，便是得罪太祖高皇帝在天之灵。”
七年七月，礼科左给事中顾九思，工科都给事中王道成请罢苏松及应天织造。本来织造是由皇帝派遣内监到江南一带主持的。他们颁发北京带来的样子，要民间如式织作，经费有一部分出于内库，也有一部分出于盐税；但是事实上经过几次周折以后，民间所得有限，皇宫派人定货，只成为意内的需索。恰恰这一年江南水灾，所以苏松督造的太监孙隆，更比应天督造的许坤，容易引起民众底怨苦。在两位给事中上疏，交给工部查复以后，神宗派文书官到内阁传谕道御用袍服紧急，若如部议取回内臣，改属抚、按有司，则织造不精，谁任其责？且见有钱粮，不必加派。先生每拟票来。
显然神宗拒绝召回内臣。第二天居正和张四维、申时行入宫，行礼以后，居正奏道“近日苏、松等处，水灾重大，据抚、按官奏报，及臣等所闻，百姓困苦流离，朝不谋夕，有群聚劫夺者。地方钱粮，委难措处。且自前年星变时，亲奉明旨停止织造，着孙隆回京。至今尚未完报，是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，愿少加圣心。”
“朕未尝不爱借百姓，但彼处织造，不久当完，远不过来春尔，”神宗疲赖地说。
居正追紧一步说“皇上德意，臣民无不欣仰，即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事则有一事之扰，宽一分则受一分之赐。今彼中织完，十未四、五，物料、钱、粮，尚有未尽征完者，灾地疲民，不堪催督，愿皇上且取回孙隆，其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”
居正说话，追紧一步以后，随即放松一步。神宗有了回旋的余地，同时他也提出内库发出银五千两，不完全仰给江南钱粮。他说“近降去花样，皆御前发出银两，并不加派扰民。此一件还着织完回京，其余则皆停罢可也。”
三位大学士叩头谢恩，神宗这才把工部复疏交给居正，他说“先生将去票来。”说过以后，神宗看着三位大学士说“君臣一体，今有司通不奉行，百姓安得受惠？”
居正代表内阁说“诚如圣谕，臣等今日，亦无非推广皇上德意而已。愿皇上重惜民生，保固邦本，则百万生灵，仰戴至仁，实社稷灵长之庆。”（奏疏九（罢织造内臣》。对话用原文。）
叩头以后，三位大学士退至内阁拟票，取回孙隆。
事情算是有了一点头绪，但是没有结束。承运库太监孔成上奏，赏赐夷人，缺乏段匹，请行南京、苏松、浙江等处增织，又将上用袍服等项，并请织造，共该七万三千匹。奉圣旨“工部知道。”工科都给事中王道成一看，知道情形严重，上疏请求酌减增造段匹。工科底奏疏发下拟票，居正才晓得从中又起了变化。“皇上为什么又要织造呢？”居正想。他看到现在只有再求酌减。在奏疏中，他提出祖宗朝一岁所造，原有定率；嘉靖年间，才有添织，但是只可偶一为之，说不得是常例。以后他更说到今查万历三年，该库已称缺乏，请于岁造之外，添织九万有余，其时以大婚礼重，赏赐浩繁，该部不得已，钦遵明旨，设法措处，然闻之各地方库藏，搜括已尽，经今四年，方得织完，而添造之旨又下。计该库所开数目，度其所费，非得银四、五十万，不能办此。索之库藏，则库藏已竭，加派小民，则民力已疲。况今岁南直隶、浙江一带，皆有水灾，顷蒙特恩，破格蠲振，又取回织造太监，疲困之民，方得更生，乃又重复加派，子惠之恩未洽，诛求之令即施，非圣慈所以爱养元元，培植邦本之意也。民穷财尽，赋重役繁，将来隐忧，诚有不可胜讳者。科臣所奏，宜留圣心。臣等看得该库偶因三卫夷人，缺少虎、豹一样服色，及近年北虏俺答款贡，岁增赏赉，溢于旧数，故题请添织，以上二项，委不可已。至于上供御用等项，则近年南京太监许坤，苏杭太监孙隆，织进御前者，已自足用，不必又取办于岁造矣。臣等愚见，伏乞圣明再谕该库查北虏俺答一宗赏赐，一岁约该几何，及三卫夷人虎豹服色缺少几何，照数行该地方添织，即作岁造之数，其余皆可停止。惟冀俯从科臣之言，一概减半织造，其支费银两，敕下户工二部酌处，免复加派小民，庶近日规恤之旨，不为虚文，罢极之民，少得苏息也。（奏疏九《请酌减增造段匹疏》疏上以后，神宗准如所请，但是事实上还是增造，神宗依然得到心理的满足。
万历七年十月，蓟辽总督梁梦龙得到消息，土蛮带领四万余骑，向辽东进攻，立即告急。东北方的边防，突然紧张起来。本来居正对付鞑靼的政策，是使他们从内部分裂走向对立的局势。俺答通贡，封顺义王，?br />