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，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
神宗点头道“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁岤之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称谕元辅张少师先生在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说谕元辅少师张先生朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议恳留，不得已，辄复视事，以俟徐图，但恐世缠日锢，归宿无期，觖怅觖怅。（同卷《寄有道李中溪言求归未遂》）
弟德薄享厚，日夕栗栗，惧颠跻之遄及耳。顷者乞归，实揣分虞危，万非得已，且欲因而启主上以新政，期君臣于有终，乃不克如愿，而委任愈笃，负戴愈重，僝弱之躯，终不知所税驾矣。奈何，奈何！（同卷《答司寇王西石》）
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中间以典成乞休，关出处大节，且妄心诐陋，师心独任，不请先生长者之明训，率尔行之，罪死罪死。正膺重任，九年于兹，恒恐不保首领，以辱国家。兹幸主德日清，内外宁谧，诸大典礼，皆已竣事，乃以其间，乞不肖之身，归伏垅亩，以明进退之节，不得已也。重蒙主上暨圣母诲谕谆谆，恩礼申笃，正诚迫于大义，不敢自爱其死，复黽勉就列，然自是羁绁愈坚，忧危愈重矣。吾师何以教之？（书牍十四《答上师相徐存斋二十八》）
弟以谫劣，谬膺重任，恒恐中道颠蹶，有负夙昔期许之心。兹幸主德日新，国家无事，弟乃以其间乞身而归，未蒙俞允，付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣。翁素怜我，何以策之，俾获全于末路乎？（书牍十二《答石麓李相公》）
贾春宇名应元，时为大同巡抚，大致和居正关系不深，因此居正对他底话有些闪铄。王之诰、徐阶、李春芳和居正关系较深，这几封信，值得仔细寻味。尤其王之诰是居正底亲家，所以说话更切实。
从居正以上，高拱、徐阶、严嵩、夏言，凡是当过国家大权的，最后都支付了最大的代价。有的被杀，有的儿子被杀；即使幸而不死，也常有被杀的危险。这一个传统太危险了，时时给居正以威胁。万历五年，居正没有去位，实际也不免有些惧祸的意思。他说“恒恐不保首领以辱国家。”知道这一个时期实际政治情形的人，一定明白居正不是乱说。从五年到八年，居正底政治地位更加巩固，然而居正底危险也更加扩大。一切的危险都发生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一点和前后不同的地方，便是没有摄政的制度。英宗九岁即位，世宗十六岁即位，神宗十岁即位，嘉宗十六岁即位，都没有摄政或是太后垂帘听政的传统。在这一群皇帝中间，世宗最能干，即位不久，大权随即到手，嘉宗是一个白痴，大权始终旁落英宗、神宗即位时的年龄更小，当然谈不到亲政，英宗初期的杨士奇、杨荣、杨溥，和神宗初期的高拱、张居正，名为内阁大学士，其实是摄政大臣，这是无可否认的史实。三杨始终维持一个合作的局面。高拱、张居正当穆宗在位的时候，在最后的阶段里，已经不能并存，神宗即位以后，居正利用政治机会，撇开高拱，成为实际的独裁者，这也是无可否认的史实。以后居正逐渐巩固既得的政权，内而内阁、六部、都察院，外而各省督、抚，没有一个不是居正推荐的人，言官之中，御史、给事中也几乎没有一个不听居正底指挥。在神宗尚幼的时候，这个正和《古文尚书·伊训篇》所说的“百官总已以听冢宰”，《伪孔传》“伊尹刮百官，以三公摄冢宰”相合。但是现在神宗年已十八，久已超过应当亲政的时期。居正当国，便等于神宗失位，成为不能并立的形势。在这一个情态之下，居正头脑糊涂一点，便可以做王莽；气魄大一点，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那个提倡忠孝的环境之下，也不容许王莽、曹操的产生。居正以忠孝自负，而忠孝自负的主张，又和专权当国的现实，不能融洽，心理遂陷于极端的矛盾状态。
矛盾的心理，惧祸的心理，最后驱使居正走上归政乞休的路线。以威福奉还主上，也许神宗不至于不容自己优游林下吧！他甚至说不敢决计从此一去不返，只要稍许休息，日后在必要的时机，仍然“朝闻命而夕就道，效死疆場，亦所弗避”。（见《再乞休致疏》）这是委婉的说法，只想神宗给他一个脱身的机会。居正不是没有机权的人，但是这一次的乞休，确是出于至诚。摄政的皇帝做过八、九年，明代开国以来，四个在位的皇帝，时期都没有这样长，居正还不应当满足吗？对内对外，整个的国家上了轨道，自己去位以后，内阁里面张四维、申时行，都是自己引进的人，谅意不至于反噬。江陵的家产虽然不大，但是总算富厚了，那里有五十几岁的老妻，有儿子，还有最近新添的三、四个孙子，门庭以内，充满快乐的空气，为什么不回去？居正又曾说过“不谷比者抗疏乞归，‘群情惊惑，不知鄙意固有在也。夫不得决去于宅忧之时，而乃乞骸于即吉之后，此岂寻常大臣所为进、退者耶？顾此意不敢以告人，而世亦无知我者。兹承华翰，深获我心，但奖借过情，深用为愧耳。”（书牍十二《答宪长徐中台》）徐中台怎样“深获我心”，我们无从知道，但是从居正和他的关系而论，中台还够不上深谈，居正之言，只是一种机权。假如我们记得居正宅忧之时，神宗年十五岁；乞骸之时，神宗年十八岁那么我们不难深获居正底用心。
一切都看在那个小农之女底目光里。是因为她从民间出身，接近大地，所以赋有特殊的智慧，惊人的常识吗？我们不敢说。但是她能了解居正，她对神宗说“待辅尔到三十岁，那时再作商量。”“这是一位随时督责，随时罚跪的母亲，连外祖父武清侯李伟都畏惧她，有一次外祖父做错事，圣母把他召进宫内，切实训戒，（见《明史》卷三〇〇《外戚传》）何况自己？”神宗又在沉思了。龙笺手敕提到圣母慈谕，实际是把居正摄政的时期，再延长十二年；也就是神宗底失位，再延长十二年。神宗说过“朕垂拱受成，倚毗正切，”这九个字，值得仔细玩味。在虚君政治制度没有确实成立以前，这一种办法，必然会造成皇帝和首辅的决斗。残忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和辽王宪【火节】的决斗；一位李太后，造成居正和神宗的决斗。这才是人生的不幸。居正自言“自是羁绁愈坚，忧危愈重矣”；又言“付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣”。这些话都是事实。但是他现在竟没有自全之策。‘凤毛丛劲节，只上尽头竿，“尽头竿究竟不是一个安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿试第一人。这一次主考是内阁申时行、侍郎余有丁。在当时的情状下，首辅底儿子当然会高中的，何况懋修在兄弟中，才具较高呢？主考阅卷，拟定懋修第三，进呈御览。神宗看过以后，改为第一。这一科，居正长子敬修也成进士。居正六子敬修、嗣修、懋修，至此都成进士，第四子简修，加恩授南镇抚司佥书管事。
八年闰四月两广总督刘尧诲奏报讨平八寨。两广的吏治，向来是一个问题吏治不清，地方不安，人民起义，和少数民族的暴动，成为相应而来的事实。八寨在广西桂林、平乐两府，本来是僮人群居的场所。隆庆年间，殷正茂进兵古田的时候，八寨先降，于是并龙哈、咘咳为十寨，立长官司。万历六年，曾经有一次动乱，两广总督凌云翼随即进兵。云翼去职以后，尧诲继任，八寨又来一次动乱。居正和尧诲讨论过几次广右议征八寨，此或不容已者，已属本兵从其请矣。（书牍十一《答两广刘凝斋》）
八寨之征，在两镇似不容已，本兵已复从其请。（同卷《答两广刘凝斋论严取与》）
这都是万历七年的事。第二年八寨敉平，居正谈到两广的情况。
八寨兵已奏捷，谅此时竣事矣。武弁游民，私买贼级，乃广中沈锢之病，今得力祛此弊，则功赏皆实。但先年有旨，凡大举征剿，皆宪臣亲临纪功，今不知纪功是何司、道官。纪功得人，积弊乃可革也。黄总戎颇有志向，不安下流，但微负气。将官负气，正可驾驭而用之，固愈于颓靡、懦熟，剥削以事结纳者也。俟到任信至，如尊谕戒谕之。（书牍十二《答刘凝斋》）
八年二月，河工勘报完成，潘季驯升工部尚书兼副都御史；这是一个崇衔，其实用不到管事。明朝有添注官，在实缺官以外，临时添设，本来是一种酬劳的意义。但是季驯在河工已久，委实需要休息了，居正想起前任两广总督凌云翼，现任南京兵部尚书，只是一个闲曹，决定派云翼总督漕运，以为代潘的地步，同时再调潘代凌，成为潘、凌对调。他分别和两人说起两承翰教，领悉。比者平成奏绩，公之肤功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，况河、漕归并，已有成命，则今之代江（漕运侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反复思之，莫如洋山（云翼）公为宜。此公虚豁洞达，昔在广中，仆妄有指授，渠一一取其意而行之，动有成功，则今日必能因袭旧画，以终公之功，一善也。官尊权重，足以镇压，二善也。留京参赞（南京兵部尚书兼参赞南京军务）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，则在事诸臣，谁不奋厉？三善也。南中道近，闻命即行，不烦候代，则漕事不致妨废，且得数月与公周旋，同心计处，何事不办，四善也。公即旦夕回京，亦不过添注管事，骈枝闰位，何所用之？不如即代洋山，是身不离南中，可以镇异议，属人心，此中八座虚席，一转移间，又无妨于他日之柄用，于公亦有利，五善也。有此五善，虑之已熟，故违部议而请上行之。恐公不达鄙意，敢布腹心。（书牍十二《答河道潘印川》）
向承教，粤中经理，不辞再劳，具见公忘身徇国，不胜敬仰。后思彼中事体，近已略定，好议喜事者知鄙意有在，亦自敛戢，而不敢复兴事端，今若无故易置，反觉多事；且瘴病之乡，亦不忍再烦也。河、漕虚席，因忆公鸿猷伟略，优游留省，无以骋才，而河、漕重任，比之东粤，尤为紧要，先朝尝特遣重臣经理；且二三年间，仆力主印川公治河之策，幸有成功，今仍须素有威望者继之，庶可以行仆之意而终潘之功。博求中外，无如公者，故暂借经理。他日此中八座或虚，一转移间，其事又甚易也。恐公不达所以借重之意，而有外于左右，故略布区区，万望鉴谅。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成绩，逐日进展，但是对于居正不满的呼声，仍然不断。八年三月，南京兵部主事赵世卿奏匡时五要，请广取士之额，宽驿传之禁，省大辟，缓催科；最后提出言路当开。他说近者台谏习为脂韦以希世取宠，事关军国，卷舌无声，徒摭不急之务，姑塞言责，延及数年，居然高踞卿、贰，夸耀士林矣。然此诸人岂尽奊诟无节，忍负陛下哉？亦有所惩而不敢尔！如往岁傅应祯、艾穆、沈思孝、邹元标，皆以建言远窜，至今与戍卒伍，此中才之士所以内自顾恤。宁自同于寒蝉也。宜特发德音，放还诸人，使天下晓然知圣天子无恶直言之意，则士皆慕意输诚，效忠于陛下矣。
世卿此疏直指居正，当然引起居正底激怒。因此吏部尚书王国光改世卿为楚府右长史。明代王府官不易升调，一入王府，实际成为禁锢，世卿这一次调任，其实是一个严重的处分。
八年八月间，刑部侍郎刘一儒致书居正，讨论时政。一儒，夷陵人，是居正底亲家，居正底女儿嫁给一儒之子戡之。在新妇进门的时候，一儒看到妆奁中的珠玉锦段，盈箱满筐，连忙吩咐另行封锁，一概不许动。一儒当然有他底计算，儿妇谈不到反对。居正在政治上的地位，正在不断亢进，一儒和他说窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者，政严则苛，法密则扰，今综核既详，弊端剔尽，而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。（《明史纪事本末》卷六十一）
假如居正接受一儒底忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受这个忠告，便不是居正了。万历初年的政局，终于留下精明有余，浑厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正负责，十八岁的神宗，闲得没有事做，四书五经无须再读了，他便慢慢地寻求消遣的方法。皇上所住的是乾清宫，宫里的内监大、小不等，管事的称为牌子太监。乾清宫牌子太监孙海、客用，既然负责伺候皇上，他们便逐渐引导神宗寻求娱乐。有时皇上带同太监们，短衣窄袖，一同出宫，值游竟日。怕什么？手上带的是刀杖，根本不怕什么意外。一次神宗到西城，正在喝过酒以后，醉眼蒙胧地吩咐小内监唱曲子。也许是小内监撒娇吧，偏不肯唱。这是欺君之罪，还了得！皇上有的是刀子，哗喇一声，刀子出鞘，吓得小内监直抖，旁边的人求情，经过使劲鞭挞以后，这才平了神宗之怒，但是到底还把小内监底头发割下，实行割发代首的故事。真有趣，整个的人生都戏剧化了。神宗仍在兵杖簇拥的中间，带醉回到乾清宫。
神宗酒醒以后，冯保久已奏明慈圣太后了。慈宁宫的太监正在催促神宗前去。没奈何，去罢！慈圣太后看见神宗，喝声跪下。神宗长跪在那里，听圣母底训导。慈圣太后把神宗底过失，一五一十地数说一番。神宗无从辩护，眼泪簌簌地落下，最后他只有请求慈圣太后给他一个改过的机会。慈圣这才吩咐神宗检出一本书来。重行长跪以后，皇帝打开书本一看，正是《汉书》卷六十八《霍?br />
，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
神宗点头道“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁岤之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称谕元辅张少师先生在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说谕元辅少师张先生朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议恳留，不得已，辄复视事，以俟徐图，但恐世缠日锢，归宿无期，觖怅觖怅。（同卷《寄有道李中溪言求归未遂》）
弟德薄享厚，日夕栗栗，惧颠跻之遄及耳。顷者乞归，实揣分虞危，万非得已，且欲因而启主上以新政，期君臣于有终，乃不克如愿，而委任愈笃，负戴愈重，僝弱之躯，终不知所税驾矣。奈何，奈何！（同卷《答司寇王西石》）
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中间以典成乞休，关出处大节，且妄心诐陋，师心独任，不请先生长者之明训，率尔行之，罪死罪死。正膺重任，九年于兹，恒恐不保首领，以辱国家。兹幸主德日清，内外宁谧，诸大典礼，皆已竣事，乃以其间，乞不肖之身，归伏垅亩，以明进退之节，不得已也。重蒙主上暨圣母诲谕谆谆，恩礼申笃，正诚迫于大义，不敢自爱其死，复黽勉就列，然自是羁绁愈坚，忧危愈重矣。吾师何以教之？（书牍十四《答上师相徐存斋二十八》）
弟以谫劣，谬膺重任，恒恐中道颠蹶，有负夙昔期许之心。兹幸主德日新，国家无事，弟乃以其间乞身而归，未蒙俞允，付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣。翁素怜我，何以策之，俾获全于末路乎？（书牍十二《答石麓李相公》）
贾春宇名应元，时为大同巡抚，大致和居正关系不深，因此居正对他底话有些闪铄。王之诰、徐阶、李春芳和居正关系较深，这几封信，值得仔细寻味。尤其王之诰是居正底亲家，所以说话更切实。
从居正以上，高拱、徐阶、严嵩、夏言，凡是当过国家大权的，最后都支付了最大的代价。有的被杀，有的儿子被杀；即使幸而不死，也常有被杀的危险。这一个传统太危险了，时时给居正以威胁。万历五年，居正没有去位，实际也不免有些惧祸的意思。他说“恒恐不保首领以辱国家。”知道这一个时期实际政治情形的人，一定明白居正不是乱说。从五年到八年，居正底政治地位更加巩固，然而居正底危险也更加扩大。一切的危险都发生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一点和前后不同的地方，便是没有摄政的制度。英宗九岁即位，世宗十六岁即位，神宗十岁即位，嘉宗十六岁即位，都没有摄政或是太后垂帘听政的传统。在这一群皇帝中间，世宗最能干，即位不久，大权随即到手，嘉宗是一个白痴，大权始终旁落英宗、神宗即位时的年龄更小，当然谈不到亲政，英宗初期的杨士奇、杨荣、杨溥，和神宗初期的高拱、张居正，名为内阁大学士，其实是摄政大臣，这是无可否认的史实。三杨始终维持一个合作的局面。高拱、张居正当穆宗在位的时候，在最后的阶段里，已经不能并存，神宗即位以后，居正利用政治机会，撇开高拱，成为实际的独裁者，这也是无可否认的史实。以后居正逐渐巩固既得的政权，内而内阁、六部、都察院，外而各省督、抚，没有一个不是居正推荐的人，言官之中，御史、给事中也几乎没有一个不听居正底指挥。在神宗尚幼的时候，这个正和《古文尚书·伊训篇》所说的“百官总已以听冢宰”，《伪孔传》“伊尹刮百官，以三公摄冢宰”相合。但是现在神宗年已十八，久已超过应当亲政的时期。居正当国，便等于神宗失位，成为不能并立的形势。在这一个情态之下，居正头脑糊涂一点，便可以做王莽；气魄大一点，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那个提倡忠孝的环境之下，也不容许王莽、曹操的产生。居正以忠孝自负，而忠孝自负的主张，又和专权当国的现实，不能融洽，心理遂陷于极端的矛盾状态。
矛盾的心理，惧祸的心理，最后驱使居正走上归政乞休的路线。以威福奉还主上，也许神宗不至于不容自己优游林下吧！他甚至说不敢决计从此一去不返，只要稍许休息，日后在必要的时机，仍然“朝闻命而夕就道，效死疆場，亦所弗避”。（见《再乞休致疏》）这是委婉的说法，只想神宗给他一个脱身的机会。居正不是没有机权的人，但是这一次的乞休，确是出于至诚。摄政的皇帝做过八、九年，明代开国以来，四个在位的皇帝，时期都没有这样长，居正还不应当满足吗？对内对外，整个的国家上了轨道，自己去位以后，内阁里面张四维、申时行，都是自己引进的人，谅意不至于反噬。江陵的家产虽然不大，但是总算富厚了，那里有五十几岁的老妻，有儿子，还有最近新添的三、四个孙子，门庭以内，充满快乐的空气，为什么不回去？居正又曾说过“不谷比者抗疏乞归，‘群情惊惑，不知鄙意固有在也。夫不得决去于宅忧之时，而乃乞骸于即吉之后，此岂寻常大臣所为进、退者耶？顾此意不敢以告人，而世亦无知我者。兹承华翰，深获我心，但奖借过情，深用为愧耳。”（书牍十二《答宪长徐中台》）徐中台怎样“深获我心”，我们无从知道，但是从居正和他的关系而论，中台还够不上深谈，居正之言，只是一种机权。假如我们记得居正宅忧之时，神宗年十五岁；乞骸之时，神宗年十八岁那么我们不难深获居正底用心。
一切都看在那个小农之女底目光里。是因为她从民间出身，接近大地，所以赋有特殊的智慧，惊人的常识吗？我们不敢说。但是她能了解居正，她对神宗说“待辅尔到三十岁，那时再作商量。”“这是一位随时督责，随时罚跪的母亲，连外祖父武清侯李伟都畏惧她，有一次外祖父做错事，圣母把他召进宫内，切实训戒，（见《明史》卷三〇〇《外戚传》）何况自己？”神宗又在沉思了。龙笺手敕提到圣母慈谕，实际是把居正摄政的时期，再延长十二年；也就是神宗底失位，再延长十二年。神宗说过“朕垂拱受成，倚毗正切，”这九个字，值得仔细玩味。在虚君政治制度没有确实成立以前，这一种办法，必然会造成皇帝和首辅的决斗。残忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和辽王宪【火节】的决斗；一位李太后，造成居正和神宗的决斗。这才是人生的不幸。居正自言“自是羁绁愈坚，忧危愈重矣”；又言“付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣”。这些话都是事实。但是他现在竟没有自全之策。‘凤毛丛劲节，只上尽头竿，“尽头竿究竟不是一个安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿试第一人。这一次主考是内阁申时行、侍郎余有丁。在当时的情状下，首辅底儿子当然会高中的，何况懋修在兄弟中，才具较高呢？主考阅卷，拟定懋修第三，进呈御览。神宗看过以后，改为第一。这一科，居正长子敬修也成进士。居正六子敬修、嗣修、懋修，至此都成进士，第四子简修，加恩授南镇抚司佥书管事。
八年闰四月两广总督刘尧诲奏报讨平八寨。两广的吏治，向来是一个问题吏治不清，地方不安，人民起义，和少数民族的暴动，成为相应而来的事实。八寨在广西桂林、平乐两府，本来是僮人群居的场所。隆庆年间，殷正茂进兵古田的时候，八寨先降，于是并龙哈、咘咳为十寨，立长官司。万历六年，曾经有一次动乱，两广总督凌云翼随即进兵。云翼去职以后，尧诲继任，八寨又来一次动乱。居正和尧诲讨论过几次广右议征八寨，此或不容已者，已属本兵从其请矣。（书牍十一《答两广刘凝斋》）
八寨之征，在两镇似不容已，本兵已复从其请。（同卷《答两广刘凝斋论严取与》）
这都是万历七年的事。第二年八寨敉平，居正谈到两广的情况。
八寨兵已奏捷，谅此时竣事矣。武弁游民，私买贼级，乃广中沈锢之病，今得力祛此弊，则功赏皆实。但先年有旨，凡大举征剿，皆宪臣亲临纪功，今不知纪功是何司、道官。纪功得人，积弊乃可革也。黄总戎颇有志向，不安下流，但微负气。将官负气，正可驾驭而用之，固愈于颓靡、懦熟，剥削以事结纳者也。俟到任信至，如尊谕戒谕之。（书牍十二《答刘凝斋》）
八年二月，河工勘报完成，潘季驯升工部尚书兼副都御史；这是一个崇衔，其实用不到管事。明朝有添注官，在实缺官以外，临时添设，本来是一种酬劳的意义。但是季驯在河工已久，委实需要休息了，居正想起前任两广总督凌云翼，现任南京兵部尚书，只是一个闲曹，决定派云翼总督漕运，以为代潘的地步，同时再调潘代凌，成为潘、凌对调。他分别和两人说起两承翰教，领悉。比者平成奏绩，公之肤功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，况河、漕归并，已有成命，则今之代江（漕运侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反复思之，莫如洋山（云翼）公为宜。此公虚豁洞达，昔在广中，仆妄有指授，渠一一取其意而行之，动有成功，则今日必能因袭旧画，以终公之功，一善也。官尊权重，足以镇压，二善也。留京参赞（南京兵部尚书兼参赞南京军务）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，则在事诸臣，谁不奋厉？三善也。南中道近，闻命即行，不烦候代，则漕事不致妨废，且得数月与公周旋，同心计处，何事不办，四善也。公即旦夕回京，亦不过添注管事，骈枝闰位，何所用之？不如即代洋山，是身不离南中，可以镇异议，属人心，此中八座虚席，一转移间，又无妨于他日之柄用，于公亦有利，五善也。有此五善，虑之已熟，故违部议而请上行之。恐公不达鄙意，敢布腹心。（书牍十二《答河道潘印川》）
向承教，粤中经理，不辞再劳，具见公忘身徇国，不胜敬仰。后思彼中事体，近已略定，好议喜事者知鄙意有在，亦自敛戢，而不敢复兴事端，今若无故易置，反觉多事；且瘴病之乡，亦不忍再烦也。河、漕虚席，因忆公鸿猷伟略，优游留省，无以骋才，而河、漕重任，比之东粤，尤为紧要，先朝尝特遣重臣经理；且二三年间，仆力主印川公治河之策，幸有成功，今仍须素有威望者继之，庶可以行仆之意而终潘之功。博求中外，无如公者，故暂借经理。他日此中八座或虚，一转移间，其事又甚易也。恐公不达所以借重之意，而有外于左右，故略布区区，万望鉴谅。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成绩，逐日进展，但是对于居正不满的呼声，仍然不断。八年三月，南京兵部主事赵世卿奏匡时五要，请广取士之额，宽驿传之禁，省大辟，缓催科；最后提出言路当开。他说近者台谏习为脂韦以希世取宠，事关军国，卷舌无声，徒摭不急之务，姑塞言责，延及数年，居然高踞卿、贰，夸耀士林矣。然此诸人岂尽奊诟无节，忍负陛下哉？亦有所惩而不敢尔！如往岁傅应祯、艾穆、沈思孝、邹元标，皆以建言远窜，至今与戍卒伍，此中才之士所以内自顾恤。宁自同于寒蝉也。宜特发德音，放还诸人，使天下晓然知圣天子无恶直言之意，则士皆慕意输诚，效忠于陛下矣。
世卿此疏直指居正，当然引起居正底激怒。因此吏部尚书王国光改世卿为楚府右长史。明代王府官不易升调，一入王府，实际成为禁锢，世卿这一次调任，其实是一个严重的处分。
八年八月间，刑部侍郎刘一儒致书居正，讨论时政。一儒，夷陵人，是居正底亲家，居正底女儿嫁给一儒之子戡之。在新妇进门的时候，一儒看到妆奁中的珠玉锦段，盈箱满筐，连忙吩咐另行封锁，一概不许动。一儒当然有他底计算，儿妇谈不到反对。居正在政治上的地位，正在不断亢进，一儒和他说窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者，政严则苛，法密则扰，今综核既详，弊端剔尽，而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。（《明史纪事本末》卷六十一）
假如居正接受一儒底忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受这个忠告，便不是居正了。万历初年的政局，终于留下精明有余，浑厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正负责，十八岁的神宗，闲得没有事做，四书五经无须再读了，他便慢慢地寻求消遣的方法。皇上所住的是乾清宫，宫里的内监大、小不等，管事的称为牌子太监。乾清宫牌子太监孙海、客用，既然负责伺候皇上，他们便逐渐引导神宗寻求娱乐。有时皇上带同太监们，短衣窄袖，一同出宫，值游竟日。怕什么？手上带的是刀杖，根本不怕什么意外。一次神宗到西城，正在喝过酒以后，醉眼蒙胧地吩咐小内监唱曲子。也许是小内监撒娇吧，偏不肯唱。这是欺君之罪，还了得！皇上有的是刀子，哗喇一声，刀子出鞘，吓得小内监直抖，旁边的人求情，经过使劲鞭挞以后，这才平了神宗之怒，但是到底还把小内监底头发割下，实行割发代首的故事。真有趣，整个的人生都戏剧化了。神宗仍在兵杖簇拥的中间，带醉回到乾清宫。
神宗酒醒以后，冯保久已奏明慈圣太后了。慈宁宫的太监正在催促神宗前去。没奈何，去罢！慈圣太后看见神宗，喝声跪下。神宗长跪在那里，听圣母底训导。慈圣太后把神宗底过失，一五一十地数说一番。神宗无从辩护，眼泪簌簌地落下，最后他只有请求慈圣太后给他一个改过的机会。慈圣这才吩咐神宗检出一本书来。重行长跪以后，皇帝打开书本一看，正是《汉书》卷六十八《霍?br />